Sejarah berdirinya PAI tidak terlepas dari berdirinya Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga karena Prodi PAI merupakan Prodi yang didirikan bersamaan dengan dibukanya Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga. Pun demikian berdirinya Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan tidak bisa terlepas dari berdirinya UIN Sunan Kalijaga karena Fakutas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan merupakan salahsatu Fakultas yang dibuka pertama kali (bersama Fakultas lainnya) seiring dengan didirikannya UIN Sunan Kalijaga. Atas hal tersebut, akan diuraikan sedikit tentang sejarah berdirinya UIN Sunan Kalijaga.

Yogyakarta yang pernah berjasa sebagai ibu kota negara RI diberi penghormatan sebagai Kota Universitas. Maka didirikanlah Universitas Gadjah Mada (UGM) di Yogyakarta, berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 37 Tahun 1950. UGM bisa dianggap sebagai hadiah pemerintah untuk kaum nasionalis atas jasa-jasanya dalam mempertahankan kemerdekaan. Untuk golongan Islam, diberikan pula penghargaan pemerintah berupa “Fakultas Agama” yang cikal bakalnya berasal dari Universitas Islam Indonesia (UII). UII sendiri semula bernama Sekolah Tinggi Islam (STI) yang didirikan pada tanggal 18 Juli 1945 dan berkedudukan di Jakarta. Nama STI diubah menjadi UII dan diresmikan pada tanggal 10 Maret 1948 di Yogyakarta.

Pada saat diresmikan, UII memiliki empat Fakultas, yaitu: Fakultas Agama, Fakultas Hukum, Fakultas Ekonomi, dan Fakultas Pendidikan. Fakultas Agama dinegrikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Negeri (PTAIN) berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 34 Tahun 1950, yang kemudian dibentuk Panitia Perguruan Tinggi Agama Islam yang diketuai KH. Fathurrahman Kafrawi dengan 11 orang anggota.

Pada tanggal 26 September 1951 bertepatan dengan 4 DzulHijjah 1371 H, diresmikanlah PTAIN oleh Pemerintah (Menteri Agama dan Menteri PP & K) dengan Ketua PTAIN Prof. KH. Mohammad Adnan. Itulah sebabnya, tanggal tersebut dijadikan sebagai tanggal “Dies Natalis” UIN Sunan Kalijaga. Atas berbagai pertimbangan, PTAIN (Yogyakarta) digabung dengan Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) yang berada di Jakarta, menjadi “Institut Agama Islam Negeri” al-Djamiah, yang peresmiannya dilaksanakan di Yogyakarta pada tanggal 24 Agustus 1960.

Pada saat diresmikan IAIN memiliki 4 Fakultas, yaitu Fakultas Syariah (Yogyakarta) dengan Dekan Tengku Moh Hasbi Ash-Shiddieqy, Fakultas Ushuludin (Yogyakarta) dengan Dekan Prof. Muchtar Yahya, Fakultas Adab (Jakarta) dengan Dekan H Bustami Abdul Ghani; Fakultas Tarbiyah (Jakarta) dengan Dekan H. Mahmud Junus, dan Rektor IAIN saat itu adalah Prof. Mr. RHA Soenarjo. Pada tahun kedua (1960-1961) dibuka empat Fakultas lagi yaitu: Fakultas Tarbiyah di Yogyakarta, Fakultas Syariah di Kutaraja Banda Aceh, Fakultas Syariah di Banjarmasin, dan Fakultas Syariah di Palembang. Dapat diketahui bahwa Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga dibuka pada tahun kedua pembukaan IAIN di Indonesia yakni antara tahun 1960-1961. Satu tahun berikutnya, yakni tahun 1962, tepatnya tanggal 29 September, dibuka prodi PAI berdasarkan Penetapan Menteri Agama No. 43 Tahun 1960 tentang Penyelenggaraaan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) dan Keputusan Menteri Agama no. 2 Tahun 1962 tentang Pembukaan Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Adab di Yogyakarta. Saat itu bernama Jurusan Pendidikan Agama.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional dan Menteri Agama Nomor 01/0/SKB/2004 dan Nomor ND/B.V/I/Hk.001/058/04 Tanggal 23 Januari 2004, yang diperkuat lagi dengan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 50 Tahun 2004 Tanggal 21 Juni 2004., IAIN Sunan Kalijaga berubah menjadi UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Transformasi tersebut mendorong UIN Sunan Kalijaga melakukan pembenahan dan pengembangan di berbagai bidang, termasuk bidang manajemen dan akademik. Kerja sama dengan berbagai pihak baik dengan pihak di luar negeri maupun di luar negeri juga sedang dibangun

Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.I/39/2010 tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta Tahun 2010, terjadi perubahan Jurusan Pendidikan Agama Islam menjadi Program Studi (Prodi) Pendidikan Agama Islam (PAI).

Prodi PAI telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan (pengelola Prodi). Berikut merupakan pengelola sejak PAI sebagai sebuah Prodi.

Pengelola Program Studi PAI dalam Beberapa Periode