Mahasiswa mengurus perizinan penelitian baik penelitian di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) maupun di luar wilayah DIY. Perizinan penelitian didasarkan atas Peraturan Menteri Dalam Negeri nomor 64 Tahun 2011 tentang Pedoman Penerbitan Rekomendasi Penelitian. Di wilayah DIY mengacu pada Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta nomor 18 tahun 2009 tentang pedoman pelayanan perizinan, rekomendasi pelaksanaan survey, penelitian, pendataan, pengembangan, pengkajian, dan studi lapangan di DIY. Perizinan penelitian Prodi PAI diproses di Fakultas.